Namun, satu abad kemudian, bangunan itu dibakar untuk kedua kalinya selama pemberontakan Nika terhadap Kaisar Justinian I, (yang memerintah dari 527 hingga 565 M).
Justinian I merasa Hagia Sophia sudah sangat hancur pada saat itu.
Akhirnya Justinian I membongkar Hagia Sophia pada tahun 532 M.
Kemudian menugaskan arsitek terkenal Isidoros (Milet) dan Anthemios (Tralles) untuk membangun basilika baru.
Baca Juga: Tahukah kamu? Ternyata salak banyak manfaatnya bagi kesehatan
Hagia Sophia ketiga selesai pada 537 M dan masih berdiri sampai hari ini.
Ibadah keagamaan pertama di Hagia Sophia baru diadakan pada tanggal 27 Desember 537 Masehi.
Pada saat itu, Kaisar Justinian I berkata, "Ya Tuhan, terima kasih telah memberi saya kesempatan untuk membuat tempat ibadah seperti ini."
Sejak berdiri, Hagia Sophia yang ketiga atau yang terakhir ini memang merupakan struktur yang luar biasa.
Bangunan ini menggabungkan elemen desain tradisional basilika Ortodoks dengan atap kubah besar serta ditambah altar semi-kubah dengan dua beranda.
Lengkungan pendukung kubah ditutupi dengan mosaik enam malaikat bersayap yang disebut hexapterygon.
Baca Juga: Buka-bukaan, ini alasan Feni Rose putuskan bercerai: Enggak ada takut, Wah ini dunia baru!
Dalam upaya untuk menciptakan basilika agung yang mewakili semua Kekaisaran Bizantium.
Kaisar Justinian menetapkan bahwa semua provinsi di bawah pemerintahannya mengirim karya arsitektur untuk digunakan dalam pembangunannya.