Pada masa kepemimpinannya, Anies Baswedan mengadakan kegiatan berbasis riset untuk menanggapi kasus Badan Penyangga dan Pemasaran Cengkeh (BPPC).
Anies Baswedan berperan penting dalam pembentukan Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) yang disahkan oleh kongres pada 1993.
Anies Baswedan juga mendapatkan beasiswa Japan Aielines Foundation untuk mengikuti kuliah musim panas bidang Asian Studies di Universitas Sophia, Tokyo, Jepang.
Setelah lulus, Anies Baswedan menjadi Peneliti dan Koordinator Proyek di Pusat Antar Universitas (PAU) Studi Ekonomi UGM.
Tak hanya itu, Anies Baswedan menempuh S2 Bidang International Security and Economic Policy, dengan beasiswa di University of Maryland, College Park.
Anies Baswedan melanjutkan S3 di Northern Illinois University, AS dan lulus tahun 2004 mendapat gelar Doctor of Philosophy, Departemen Ilmu Politik.
Bukan Anies Baswedan jika tidak melakukan kegiatan riset.
Saat mengenyam pendidikan S3, Anies Baswedan menjadi Reasearch Assistant di Kantor Penelitian, Evaluasi, dan Studi Kebijakan, Northern Illinois University.
Pada 2004-2005, Anies berkarier sebagai Reasearch Managaer, IPC Inc., Bannockbur, Illinois, USA.
Penghargaan yang diperoleh oleh Anies Baswedan:
- Tahun 1987: AFS Intercultural Program, Milwaukee High School, Wisconsin, AS
- Tahun 1993: JAL Scholarship
- Tahun 1997-1998: Fulbright Scholarship
- Tahun 1998: William P Cole III Fellowship, Universitas Maryland
- Tahun 1998: ASEAN Students Assistance Awards Program